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高品質血漿來源cell free DNA NGS文庫構建試劑

更新時間:2020-11-10 點擊次數:1127

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ThruPLEX® Plasma-seq Kit

· 專為cfDNA設計:經過優化的修復及連接試劑
· 高品質NGS文庫:在寬廣的GC含量范圍內,可以達到高檢測再現性
· 起始量范圍廣:<1 ng到30 ng cfDNA量
· 快速簡便:無需純化或樣品轉移的單管、2小時、3步操作步驟
· 應用領域:液態活檢、ctDNA、目標區域測序等領域文庫構建
· 兼容自動化平臺:Beckman® FXWorkstation
 
■ 產品說明:
ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技術,并用于血漿來源cfDNA高品質NGS文庫構建。
該試劑專門針對cfDNA進行優化,在保持樣本GC代表性的基礎上,提升了文庫的信息容量。文庫構建后可用于CNV分析、全基因組測序分析或是采用一些panel針對目標區域進行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。
血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫,能有更好的靈敏度、更準確的基因變異分析結果。與其它液態活檢的樣品一樣,血漿由于其易獲得、價值高的特點,深受研究腫瘤學或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。 
 
圖1. ThruPLEX® 技術概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技術3步反應即可完成針對cell free DNA的建庫工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進行末端修復。通過采用莖環形接頭(無單鏈尾巴)進行高效平端連接,降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解,進一步降低背景。高保真度擴增的方式完成以上反應,并獲得含有illumina index的文庫。
(*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.)
 
圖2. 高cfDNA文庫多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit構建的文庫,具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。圖中表示cfDNA分別提取于3份血漿樣品,文庫定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序,且每個文庫產生17 M到25 M reads。每個文庫在down-sampling數據至17 M reads以后,計算Duplication rates。
(*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.)
 
圖3. 優異的靶向測序文庫構建能力。圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構建的文庫通過panel進行高效捕獲,對kinome進行深度測序分析以檢測突變。3個血漿樣品分別起始建庫量為5 ng、6.5 ng、10 ng,三次重復。目標區域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進行捕獲,并用Illumina Miseq平臺進行測序,平均每個文庫獲得5 M reads,目標堿基被成功捕獲分析。
(*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.)
 
圖4. 高重復性的、無偏倚的GC覆蓋度。針對人類基因組,ThruPLEX Plasma-seq Kit表現出高再現性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構建能力。9次獨立的血漿樣品文庫構建的實驗結果表明,ThruPLEX重復性高于其它產品。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA,后續采用illumina NextSeq 500進行測序。作為對比,A公司試劑構建了4份獨立血漿樣品的文庫。 
(*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.)
 

圖5. Karolinska協會和CRUK測試的結果。5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進行illumina文庫構建。結果表明利用Hiseq平臺進行的Low-pass WGS,每個文庫能獲得接近12.5 M reads。

訂購信息:

品牌貨號產品名稱產品規格
TAKARAR400490ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit12 Rxns
TAKARAR400491ThruPLEX Plasma-seq 48S Kit48 Rxns
TAKARAR400492ThruPLEX Plasma-seq 96D Kit96 Rxns 
TAKARAR400584ThruPLEX Tag-seq 6S(12)Kit12 Rxns

 

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